返信しないと不採用になるようなことはありませんが、メールがきちんと届いているか確認の意味でも返信する方が良いです。特にはじめてのメールや面接案内のメールなどの大事な内容のメールは返信するようにして下さい。
回答を求めているものは当然返信します（できるだけ早く）。単なる案内メールでも、送信者から見ると、届いたかどうか気になることがありますので、返信した方がいいでしょう。ただ、あきらかに一斉に送っているメールであれば、特に返信しなくても問題はありません（回答が必要のない場合）。
内容によりますので、必ず返信しなければならないとは言い切れませんが、基本的には返信するほうがいいと思います。担当者の立場からすると、送ったメールを見てくれたのかどうか心配になることがあります。そういうときに返信があると安心でき助かります。
一度に多くの学生に送られてくるメールに対しては、特に返信しなくても問題ありません。しかし、個別に送られてきたメールの場合は、きちんと返信した方が良いでしょう。メールを返信したか返信していないかが合否に関わることはないと思いますが、採用担当者はあなたのためにメールを作成してくれていますので、しっかりお礼を伝えることをお勧めします。